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En la República Dominicana hay 16 parques nacionales, nueve monumentos naturales y seis reservas científicas. El número total de zonas protegidas (incluidas rutas panorámicas, zonas recreativas y corredores ecológicos) es de 67. Todas están bajo el control de la Dirección Nacional de Parques. Todas están bajo el control de la Dirección Nacional de Parques. Armando Bermúdez y José del Carmen Ramírez, ambas con bosques de pinos y montañas en la Cordillera Central, son las únicas zonas de bosque extensivo que quedan en la República; se calcula que desde la llegada de Colón se han destruido dos tercios de la selva virgen.

Las causas de la pérdida son los incendios y el establecimiento de minifundios por campesinos sin tierra. Con la creación de estos parques se ha evitado la sombría predicción de 1973, según la cual todos los bosques de la República Dominicana desaparecerían en 1990. Además, se ha iniciado un proyecto piloto de reforestación cerca de San José de las Matas, el Plan Sierra.

Los Haitises, en la costa sur de la Bahía de Samaná (Bahía de San Lorenzo), es una región costera protegida, cuyo paisaje terrestre y marino de manglares, cuevas y extrañas formaciones rocosas que emergen del mar (mogotes) no tiene parangón en la República. En Los Haitises se puede visitar la Cueva del Ángel, grutas en las que viven numerosas aves y un bosque tropical húmedo, además de los manglares.

El Parque Nacional del Este está en la península al sur de San Rafael del Yuma e incluye la isla Saona. Cuenta con playas remotas, ejemplos de arte precolombino en un sistema de cuevas y es el hábitat de la paloma coronita (Columba leucocephala), ya escasa, la iguana rinoceronte y de varias tortugas.

El Parque Nacional Isla Cabritos, en el Lago Enriquillo, es el más pequeño del sistema; se trata de un entorno único, entre cuatro y 40 metros por debajo del nivel del mar. Su vegetación original se ha perdido, bien por la recolección de madera, bien por las cabras y el ganado que antaño la pastoreaban. Cubierta ahora de vegetación secundaria, se han identificado 106 especies de plantas, entre ellas 10 tipos de cactus. La isla cuenta con una importante población de cocodrilos, una especie endémica de iguana y otros reptiles. Se han identificado 62 especies de aves, cinco acuáticas, 16 costeras y 41 terrestres; 45 son autóctonas de la isla. Entre las aves que se pueden ver (u oír) están el diminuto manuelito (Myiarchus stolidus) y el gran colibrí (Anthracothorax dominicus), el querebebé (Chordeiles gundlachii), que se oye mejor al atardecer, y el cu-cú (Athene cunicularia), que canta de noche y al amanecer y excava un agujero en el desierto para anidar.

En el noroeste, el parque nacional de Montecristi, en la frontera con Haití, contiene ecosistemas marinos y terrestres, la costera Laguna de Saladillo, bosque seco subtropical y los Cayos Siete Hermanos. En el suroeste, la Sierra de Bahoruco es un altiplano boscoso que alberga, entre otras plantas, el 52% de las orquídeas de la República; también cuenta con numerosas especies de aves. En el extremo sur de Barahona, también en el suroeste, está el parque nacional de Jaragua, que incluye la isla Beata; en tierra firme es principalmente bosque seco. También han sido designados parques nacionales varias carreteras panorámicas, jardines botánicos y zoológicos (como los de Santo Domingo, véase más abajo), acuarios y parques recreativos, y lugares de interés histórico (La Vega Vieja y La Isabela).

Las Reservas Científicas incluyen lagos, manchas de bosque y el Banco de la Plata, al que las ballenas jorobadas migran anualmente desde el Ártico para el nacimiento de sus crías. Se organizan excursiones para ver las ballenas en unos 50 barcos; hay que ponerse en contacto con el DNP.

Se han creado Parques Nacionales en el Lago Enriquillo; la Bahía de Calderas es ahora un monumento nacional para proteger el ecosistema de las dunas de Las Salinas, las mayores dunas de arena del Caribe; la Bahía de Luperón (Puerto Plata) y la Cascada del Limón (Samaná) también son monumentos nacionales; La Laguna de Rincón, en el este, es ahora un Refugio de Fauna Silvestre; también se creó la Reserva Antropológica de las Cuevas de las Maravillas en Boca de Soco, a 15 kilómetros por la Carretera de San Pedro de Macorís en dirección a La Romana. Se crearon varias "vías panorámicas" a lo largo de rutas escénicas y El Puerto - Guaigui, Playa Andrés, Boca Chica y Cayo Levantado fueron designadas Áreas Nacionales de Recreo.

La Reserva Antropológica de las Cuevas de Borbón se amplió en 1996 para proteger las cuevas de El Pomier, en San Cristóbal, amenazadas por la explotación de canteras de piedra caliza. Las cuevas tienen un enorme valor arqueológico, con más de 4.000 pinturas murales y 5.000 dibujos rupestres. La cueva nº 1 contiene 590 pictogramas, lo que la hace superior a cualquier otro yacimiento de pinturas rupestres del Caribe. Las cuevas también albergan un gran número de murciélagos. La entrada es RD$5.

El Jardín Botánico Nacional y el Museo de Historia Natural de Santo Domingo poseen una completa clasificación de la flora de la República. De interés son los 67 tipos y 300 especies de orquídeas que se encuentran en esta parte de La Española; hay varios jardines especializados en su cultivo. Las más populares son Oncidium henekenii, Polyradicium lindenii y Leonchilus labiatus. El Jardín Botánico celebra cada año una exposición de orquídeas. La planta nacional es la caoba. Hay una gran variedad de palmeras, algunas de las cuales sólo crecen en La Española.

La República Dominicana se está convirtiendo en un popular destino de observación de aves. El ave nacional es el loro cotica, de color verde, muy hablador y popular como mascota. No obstante, está protegida. Entre otras aves que pueden verse, además de las mencionadas, hay otros loros, colibríes, el guaraguao (tipo de ave halcón), el barrancolí y el flautero.

Entre los mamíferos de la isla, la jutía, un roedor endémico, está en peligro. También está en peligro el manatí, que puede verse en Estero Hondo.