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La République dominicaine compte 16 parcs nationaux, 9 monuments naturels et 6 réserves scientifiques. Le nombre total de zones protégées (y compris les routes panoramiques, les zones récréatives et les corridors écologiques) est de 67. Toutes sont placées sous le contrôle de la Dirección Nacional de Parques. Armando Bermúdez et José del Carmen Ramírez, qui contiennent toutes deux des forêts de pins et des montagnes de la Cordillère centrale, sont les seules zones de forêt extensive qui subsistent dans la République ; on estime que depuis l'arrivée de Christophe Colomb, les deux tiers de la forêt vierge ont été détruits.

Ces pertes sont dues aux incendies et à la création de petites exploitations par des paysans sans terre. La création de ces parcs a permis d'éviter la sombre prédiction de 1973, selon laquelle toutes les forêts de la République dominicaine disparaîtraient en 1990. En outre, un projet pilote de reboisement a été lancé près de San José de las Matas, le Plan Sierra.

Los Haitises, sur la côte sud de la baie de Samaná (Bahía de San Lorenzo), est une région côtière protégée, dont le paysage terrestre et marin, composé de mangroves, de grottes et d'étranges formations rocheuses émergeant de la mer (mogotes), est sans équivalent dans la République. À Los Haitises, on peut visiter la Cueva del Angel, des grottes dans lesquelles vivent de nombreux oiseaux et une forêt tropicale humide, ainsi que les mangroves.

Le Parque Nacional del Este se trouve sur la péninsule au sud de San Rafael del Yuma et comprend l'île de Saona. Il possède des plages isolées, des exemples d'art précolombien dans un système de grottes et constitue l'habitat de la paloma coronita (colombe couronnée ou à tête blanche, Columba leucocephala), de l'iguane rhinocéros et de diverses tortues, aujourd'hui rares.

Le parc national Isla Cabritos, dans le Lago Enriquillo, est le plus petit du système. Il s'agit d'un environnement unique, situé entre 4 et 40 mètres au-dessous du niveau de la mer. Sa végétation d'origine a disparu, soit à cause de la collecte de bois, soit à cause des chèvres et du bétail qui y paissaient autrefois. Aujourd'hui recouverte d'une végétation secondaire, 106 espèces de plantes ont été identifiées, dont 10 types de cactus. L'île abrite une importante population de crocodiles, une espèce endémique d'iguane et d'autres reptiles. 62 espèces d'oiseaux ont été identifiées, dont 5 aquatiques, 16 de rivage et 41 terrestres ; 45 sont originaires de l'île. Parmi les oiseaux que l'on peut voir (ou entendre), on trouve le petit manuelito (Myiarchus stolidus) et le grand colibri (Anthracothorax dominicus), le querebebé (Chordeiles gundlachii), que l'on entend le mieux au crépuscule, et le cu-cú (Athene cunicularia), qui chante la nuit et à l'aube et creuse un trou dans le désert pour y installer son nid.

Au nord-ouest, le parc national de Montecristi, à la frontière haïtienne, contient des écosystèmes marins et terrestres, la lagune côtière de Saladillo, la forêt subtropicale sèche et les Cayos Siete Hermanos. Au sud-ouest, la Sierra de Bahoruco est un haut plateau forestier qui abrite, entre autres plantes, 52 % des orchidées de la République, ainsi que de nombreuses espèces d'oiseaux. À l'extrémité sud de Barahona, également dans le sud-ouest, se trouve le parc national de Jaragua, qui comprend l'Isla Beata ; sur le continent, il s'agit principalement d'une forêt sèche. Des routes panoramiques, des jardins botaniques et zoologiques (comme ceux de Saint-Domingue, voir ci-dessous), des aquariums et des parcs récréatifs, ainsi que des sites d'intérêt historique (La Vega Vieja et La Isabela) sont également classés parcs nationaux.

Les Reservas Científicas comprennent des lacs, des parcelles de forêt et le Banco de la Plata (Banc d'argent), où les baleines à bosse migrent chaque année depuis l'Arctique pour la naissance de leurs petits. Des excursions sont organisées pour observer les baleines à bord d'une cinquantaine de bateaux ; contacter le DNP.

Des parcs nationaux ont été créés à Lago Enriquillo ; la Bahía de Calderas est désormais un monument national destiné à protéger l'écosystème des dunes de Las Salinas, les plus grandes dunes de sable des Caraïbes ; la Bahía de Luperón (Puerto Plata) et la Cascada del Limón (Samaná) sont également des monuments nationaux ; La Laguna Rincón, à l'est, est devenue un Refugio de Fauna Silvestre ; la Reserva Antropológica de las Cuevas de las Maravillas a également été créée à Boca de Soco, à 15 kilomètres de la Carretera San Pedro de Macorís, en direction de La Romana. Plusieurs "vías panorámicas" ont été créées le long des routes panoramiques et El Puerto - Guaigui, Playa Andrés, Boca Chica et Cayo Levantado ont été désignés Areas Nacionales de Recreo.

La Reserva Antropológica de las Cuevas de Borbón a été étendue en 1996 pour protéger les grottes d'El Pomier, à San Cristóbal, menacées par l'exploitation de carrières de calcaire. Les grottes ont une énorme valeur archéologique, avec plus de 4 000 peintures murales et 5 000 dessins rupestres. La grotte n° 1 contient 590 pictogrammes, ce qui la rend supérieure à tous les autres sites de peintures rupestres des Caraïbes. Les grottes abritent également un grand nombre de chauves-souris. L'entrée est RD$5.

Le Jardín Botánico Nacional et le Museo de Historia Natural, à Saint-Domingue, possèdent une classification complète de la flore de la République. Les 67 types et 300 espèces d'orchidées que l'on trouve dans cette partie d'Hispaniola sont particulièrement intéressants ; plusieurs jardins sont spécialisés dans leur culture. Les plus populaires sont l'Oncidium henekenii, le Polyradicium lindenii et le Leonchilus labiatus. Le Jardín Botánico organise chaque année une exposition d'orchidées. La plante nationale est le caoba (acajou). Il existe une grande variété de palmiers, dont certains ne poussent que sur Hispaniola.

La République dominicaine est en train de devenir une destination populaire pour l'observation des oiseaux. L'oiseau national est le perroquet cotica, de couleur verte, très bavard et très apprécié comme animal de compagnie. Il est cependant protégé. Parmi les autres oiseaux que l'on peut observer, outre ceux mentionnés ci-dessus, on trouve d'autres perroquets, des colibris, le guaraguao (oiseau de type faucon), le barrancolí et le flautero.

Parmi les mammifères de l'île, le hutia, un rongeur endémique, est en voie de disparition. Le lamantin, que l'on peut observer à Estero Hondo, est également en danger.